تتمثل حسابات الاقسام في المستشفى بالتي
1- حساب ايرادات الاقسام
ايراد قسم العمليات
ايراد قسم الرقود
ايراد قسم المختبر
ايراد قسم الاشعة
ايراد العيادات
ايراد الصيدلية
....
2- حسابات المصاريف
وتتمثل في المستلزمات الطبية المستخدمة في الاقسام مثل التعقيم والتخدير .......
وتعتبر من اهم الحسابات التي تحتاج الى رقابة بدرجة كبيرة